Η ιστορία της Μονής της Παμμακαρίστου ξεκινά τον 11ο αιώνα μ.Χ., όταν ο Μέγας Δομέστικος και Κουροπαλάτης Ιωάννης Κομνηνός, έχτισε επάνω στον πέμπτο λόφο, πολύ κοντά σήμερα στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και δίπλα σχεδόν από την Πατριαρχική Μεγάλη του Γένους Σχολή, ένα αντρικό Μοναστήρι αφιερωμένο στην Παναγία.
Το 1296 μ.Χ., ο εξ αγχιστείας ανιψιός του Μιχαήλ του Η' Παλαιολόγου, πρωτοστράτωρ Μιχαήλ Ταρχανιώτης, προσθέτει στο Καθολικό της Μονής ένα βόρειο κλίτος μαζί με Νάρθηκα. Το 1315 μ.Χ. η Μαρία, σύζυγος του Ταρχανιώτη, η οποία έγινε μοναχή με το όνομα Μάρθα, χτίζει ένα παρεκκλήσιο δίπλα στον Ναό, με σκοπό την ταφή του συζύγου της. Η τελευταία προσθήκη που έγινε στον Ναό, ήταν επί Αυτοκράτορος Ανδρονίκου του Γ' του Παλαιολόγου (1326 - 1341 μ.Χ.), όπου χτίζει ένα ακόμα Νάρθηκα. Εδώ εναποτέθηκαν τα οστά του Αυτοκράτορος Αλεξίου του Α' του Κομνηνού και αργότερα της κόρης του Άννης.
Η Μονή της Παμμακαρίστου ιδρύθηκε ως αντρική. Το 1400 μ.Χ. μετατρέπεται σε γυναίκεια. Με αυτήν την μορφή την βρίσκει η Άλωση της Πόλεως το 1453 μ.Χ. Στην Μονή της Παμμακαρίστου θα μεταφερθεί η έδρα του Οικουμενικού Πατριαρχείου από τον Πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο, μετά τον Ναό των Αγίων Αποστόλων, ενώ οι Μοναχές μεταφέρθηκαν στο Μοναστήρι του Τρούλλου.
Το Καθολικό της Μονής ήταν πλούσιο σε διάκοσμο κυρίως σε ψηφιδωτά. Σήμερα σώζονται ελάχιστα και αυτά είναι στο Παρεκκλήσι, όπως του Παντοκράτορος μαζί με προφήτες ορθίους, η Δέηση, η Βάπτιση, ένα τμήμα της προσκυνήσεως των Μάγων και αρκετοί άγιοι με το όνομα Γρηγόριος.
Ο Ιστορικός της Αλώσεως Μιχαήλ Κριτόβουλος, μας διασώσει στο χρονικό του, την συνάντηση του Πατριάρχου Γενναδίου με τον Σουλτάνο Μωάμεθ τον Β' τον Πορθητή στην Παμμακάριστο. Γράφει πως ο Σουλτάνος Μωάμεθ ο Β' το 1455 μ.Χ., έφιππος περνώντας από την Παμμακάριστο, ρώτησε να μάθει τι είναι εδώ. Όταν του είπαν ότι είναι το Πατριαρχείο, ξεπέζεψε και προχώρησε προς την Εκκλησία. Εκεί μαθαίνοντας ο Πατριάρχης για την επίσκεψη του Σουλτάνου, συναντήθηκαν και οι δύο στο παρεκκλήσι «όπου ηρώτησε πολλά δι' ερμηνέως τον Πατριάρχην περί πίστεως πάντα τα των χριστιανών, και έδωκεν αυτώ άδειαν και όρκον και θάρρος λέγειν και διαλέγεσθαι φόβου χωρίς. [Μετά την συνομιλία ο Κριτόβουλος καταλήγει]. Και άλλα μυστήρια της πίστεως είπε και διεσαφήνισεν αυτώ όθεν ου μόνον απεδέξατο ευλαβώς, αλλ' έκτοτε ηγάπα αυτόν τε τον Πατριάρχην πολλά και σεβάσμιον είχε και έπαυσε και της κακίας ήν είχε κατά το Γένος των Γραικών, και ηγάπα έκτοτε ως εν πολλοίς εφάνει. Έχαιρε δε ως είπε προς πολλούς μεθ' ών συνελάλει ότι σπουδαίον και σοφόν Πατριάρχην εποίησαν έτοιμον αποκρίνεσθαι». (Κριτοβούλου Ιστορία Πολιτική Κωνσταντινουπόλεως από ατσα' έως του αφοη' έτους Χριστού. Βόννη 1859 μ.Χ.).
Η Μονή της Παμμακαρίστου θα μπορούσε να παραμείνει η έδρα του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Εν τούτοις όμως αυτό δεν έγινε. Ο λόγος ήταν ότι το 1587 μ.Χ. επί Σουλτάνου Μουράτ του Γ' (1595 - 1603 μ.Χ.) η Μονή μετατράπηκε σε Τζαμί, όταν ο Μουράτ ο Γ' γύρισε νικητής ύστερα από ένα πόλεμο στο Αζερμπαϊτζάν. Και όπως διασώζεται «ο Σουλτάνος αποστείλας εν τω δυστυχεί Πατριαρχείω εκείνω, εξέβαλε τους εν αυτώ όντας κληρικούς τε και μοναχούς....». Ο Αρχιδιάκονος του Πατριαρχείου Νικηφόρος, εγκατέστησε το Πατριαρχείο στο Ναό της Παναγίας της Παραμαυθίας, ενώ Πατριαρχικός Οίκος έγιναν τα «οσπίτια των Βλάχων» των Ηγεμόνων δηλαδή της Μολδαβίας και Βλαχίας. Για την μεταφορά του Πατριαρχείου, ο Αθανάσιος Κομνηνός Υψηλάντης γράφει: «Ούτως ούν οι Ρωμαίοι έχασαν και την Παμμακάριστον τελευταίον και έχασαν τοσαύτα εν Κωνσταντινουπόλει ιερά κειμήλεια. Εγλύτωσε ούν ο Νικηφόρος βιβλία, εικόνας, λείψανα και άλλα όσα ήσαν μέσα».
Τα ιερά κειμήλια της Παμμακαρίστου, ακολούθησαν την πορεία της Μεγάλης Εκκλησίας στην Κωνσταντινούπολη. Σήμερα οι ψηφιδωτές Εικόνες της Παναγίας της Παμμακαρίστου και του Τιμίου Προδρόμου, μαζί με τα Ιερά Λείψανα βρίσκονται και διαφυλάσσονται στον Πάνσεπτο Πατριαρχικό Ναό του Αγίου Γεωργίου.
Σχετικά με την εικόνα της Παναγίας της Παμμακαρίστου
Ο περίφημος Βυζαντινός Ναός Παναγίας της Παμμακαρίστου είχε το μεγάλο προνόμιο να κατέχει μία από τις σπουδαιότερες ψηφιδωτές φορητές εικόνες, την πασίγνωστη Παναγία την Παμμακάριστο. Αναφορά της εικόνας γίνεται από τον Στέφανο Gerlach, ο οποίος το 1578 μ.Χ. επισκέφθηκε το Πατριαρχείο, το οποίο στεγαζόταν τότε στον ναό της Παμμακαρίστου και άφησε περιγραφή του στην Τurcograecia του Μαρτίνου Κρουσίου, καθώς επίσης και από τον Μανουὴλ Μαλαξό, ο οποίος στην ιστορική έκδοση «Πατριαρχικὴν ἱστορίαν μέχρι τὸ 1581» γράφει: «...καὶ ἐν τῷ δεξιῷ μέρει (τοῦ τέμπλου) ἡ εἰκόνα τῆς ὑπεραγίας Θεοτόκου τῆς Παμμακαρίστου, ὡραιοτάτη καὶ λαμπρή». Όταν ο ναός της Παμμακαρίστου μετετράπηκε σε τέμενος - το Φετχιγιέ τζαμί - μαζί με τα κειμήλια που μετεφέρθηκαν στις περιπλανήσεις του Πατριαρχείου προς αναζήτηση στέγης - «τὰ θησαυρίσματα τοῦ Πατριαρχείου ἀπὸ Ναοῦ εἰς Ναὸν μεταφερόμενα» κατά Γεδεών - ήταν και η ιστορικὴ εικόνα.
Με την τελική εγκατάσταση του Οικουμενικού Πατριαρχείου στο Φανάρι η εικόνα της Παμμακαρίστου τοποθετήθηκε σε περίοπτη θέση του τέμπλου του Πανσέπτου Πατριαρχικού Ναού στο νότιο κλίτος. Πολύ αργότερα (το 1798 μ.Χ.) ο Πατριάρχης Γρηγόριος ο Ε' μετέτρεψε το νότιο αυτό κλίτος σε παρεκκλήσιο προς τιμή της Θεοτόκου για χάρη της εικόνας της Παμμακαρίστου, που εξακολουθεί μέχρι σήμερα να κοσμεί τον Πατριαρχικό Ναό στο σημείο αυτό.
Επί Πατριαρχείας του λόγιου και φιλόκαλου Φωτίου Β' (1929 - 36 μ.Χ.) και κατά το έτος 1933 μ.Χ., έφθασε στην Πόλη ο μέγας καθηγητής της Χριστιανικής και Βυζαντινής Αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και διευθυντής του Βυζαντινού Μουσείου Γεώργιος Σωτηρίου, ο οποίος κατόπιν εντολής του Πατριάρχη κατέγραψε «ἑκατὸν τριάκοντα πέντε παλαιὰς φορητὰς εἰκόνας ναῶν καὶ μονῶν Κωνσταντινουπόλεως, περιχώρων καὶ τῶν νήσων, ὧν πολλαὶ ἀξιολογώτατοι διά τε τὴν ἀρχαιότητα καὶ τὴν τέχνην των, ἐλάχισται ἀτυχῶς μετεφέρθησαν εἰς τὰ Πατριαρχεῖα...». Η εικόνα της Παμμακαρίστου, μαζί με την ψηφιδωτή εικόνα του Τιμίου Προδρόμου, στερεώθηκε, καθαρίσθηκε και συμπληρώθηκε ύστερα από τολμηρές και καθοριστικές επεμβάσεις του καλλιτέχνη Κ. Βασματζίδη καθώς ανακοίνωσε στην Ακαδημία Αθηνών ο Γ. Σωτηρίου το 1933 μ.Χ. Η Παναγία ιστορείται κατά τον τύπο της Οδηγήτριας. Φέρει σκούρο ερυθρόμαυρο μαφόριο με χρυσές παρυφές και άστρα στην κεφαλή και τον ώμο. Θυμίζει μεταεικονομαχική περίοδο και μάλιστα Μακεδονική Σχολή. Με την δεξιά της χείρα η Θεοτόκος «δεικνύει» τον υιό της, κρατούσα Αυτόν εξ' ευωνύμων. Ο δε Κύριος φέρει κλειστό ειλητάριο ευλογών Αυτήν με την Δεξιάν Του.