Ο Ιωάννης Βιτσέντζος ή Γεροντογιάννης γεννήθηκε στο ημιερειπωμένο Μονύδριο του Τιμίου Προδρόμου Καψά το 1799. Στα ερειπωμένα κελλιά της άγονης και απόμονωμένης περιοχής είχαν μεταβεί οι ευσεβείς και ενάρετοι γονείς του Εμμανουήλ και Ζαμπία λόγω τουρκικής επιδρομής. Αργότερα, όταν ησύχασε η κατάσταση, διέμειναν μόνιμα στο χωριό Λιθίνες. Όταν ήρθε σε νόμιμη ηλικία νυμφεύθηκε την κυνηγημένη από τους Τούρκους Καλλιόπη από την οικογένεια των Γεροντάκηδων ή Γεροντήδων, η οποία ζούσε κρυμμένη και εκείνη στα νοτιοανατολικά παράλια, φοβούμενη μήπως έχει την ίδια τύχη που είχε η μοναδική αδελφή της, η οποία αυτοκτόνησε για να μην ατιμασθεί από ένα Τούρκο που είχε ενδιαφερθεί έντονα γι’ αυτήν. Γι’ αυτό και η Καλλιόπη στάλθηκε από τους γονείς της στις ερημικές ακτές της περιοχής, κοντά στην έρημη τότε Μονή Καψά και τελικά νυμφεύθηκε τον Γεροντογιάννη, με τον οποίο απέκτησε τέσσερα παιδιά, τρεις κόρες κι ένα γιο. Ο Γεροντογιάννης ήταν ατίθασος, αλλά ιδιαίτερα ευσεβής. Πολλές φορές είχε γίνει στόχαστρο των τουρκικών αρχών και τον είχε καταδιώξει η Τουρκική Αστυνομία. Γι’ αυτό συχνά κατέφευγε με την οικογένειά του στο φαράγγι των Περβολακίων, όπου ήταν αδύνατο να τον ανακαλύψει κανείς. Το περισσότερο διάστημα του έτους διέμεναν στο μετόχι «Κατσαρόλι», κοντά στις Λιθίνες.
Σύμφωνα με την παράδοση, κάποια Κυριακή ο Ιωάννης μάζεψε ξύλα και τα φόρτωσε στο ζώο για να τα πουλήσει, όπως συνήθιζε, στα χωριά Αρμένους και Χανδράς και να αγοράσει κρασί. Πήρε μαζί του και τη σύζυγό του Καλλιόπη και την άφησε στις Λιθίνες για να δει τους συγγενείς της, ενώ τα παιδιά έμειναν μόνα τους στο μετόχι. Στο γυρισμό ένα κακό προαίσθημα είχε φωλιάσει στην καρδιά της Καλλιόπης που παρακινούσε συχνά το σύζυγό της να βαδίσει γρηγορότερα. Οταν έφτασαν βρήκαν τη μικρή τους κόρη Ειρήνη καμμένη έξω στο αλώνι, που την είχαν βγάλει τα άλλα αδέλφιά της, νομίζοντας ότι ο αέρας θα έσβηνε τη φωτιά που είχε πιάσει το φορεματάκι της. Το ατύχημα αυτό που επέφερε τον θάνατο της κόρης του, θεωρήθηκε από τον Ιωάννη θεία τιμωρία για τις αμαρτίες του και κυρίως για την καταπάτηση της Κυριακάτικης αργίας. Το γεγονός αυτό σφράγισε τη ζωή του και στάθηκε η αφορμή για να μεταμορφωθεί.
Έφυγε από το μετόχι και εγκαταστάθηκε μόνιμα στις Λιθίνες. Οι χωριανοί, οι συγγενείς και όσοι τον γνώριζαν διαπίστωναν καθημερινά την «αλλοίωσή του». Ο σκληρόκαρδος, ευέξαπτος και εριστικός Ιωάννης μεταμορφώθηκε σε έναν μακρόθυμο, ελεήμονα, πράο και ανεξίακακο άνθρωπο. Η συνειδητή συμμετοχή του στη μυστηριακή ζωή της Εκκλησίας, οι νηστείες, οι προσευχές, οι ελεημοσύνες και η διαρκής μετάνοια καθάρισαν την καρδιά του, φώτισαν το νου του και μπόρεσε να δεχθεί μία θεία αποκάλυψη, που έμελλε να σταθεί καθοριστική για τη μετέπειτα ζωη του. Ο Γεροντογιάννης το έτος 1841 σε ηλικία 42 ετών έπεσε σε βαθύ ύπνο. Αγγελος Κυρίου τον άρπαξε, όπως τον Απόστολο Παύλο, σε υψηλή θεωρία και είδε τις τάξεις των δικαίων που βρίσκονται σε ουράνια δόξα και χαρά, αλλά και τις διάφορες τιμωρίες των καταδικασμένων στην αιώνια κόλαση. Μετά από 43 ώρες ξύπνησε χαρούμενος και γαλήνιος βλέποντας γύρω του πλήθος από συγγενείς, γειτόνους και συγχωριανούς του, οι οποίοι είχαν μαζευθεί για να δουν από κοντά τι του συμβαίνει. Ανάμεσά τους και μια παράλυτη γριά, πάνω στην οποία άπλωσε το χέρι του και ψιθυρίζοντας κάποια ευχή, την θεράπευσε μπροστά στα έκπληκτα μάτια των πολυάριθμων παρευρισκομένων.
Αμέσως μετά άρχισε να κηρύττει και να θαυματουργεί. Πολλοί κάτοικοι της επαρχίας Σητείας περνούσαν καθημερινά από το σπίτι του για να τον συναντήσουν και να πάρουν την ευλογία του, να δεχθούν τις συμβουλές του και να θεραπευθούν από τις διάφορες ασθένειές τους. Τα γεγονότα αυτά, όπως ήταν φυσικό, δημιούργησαν θόρυβο γύρω από το όνομά του. Τη χρονιά αυτή επικρατούσε αναστάτωση λόγω της επανάστασης και ο Γεροντογιάννης θεωρήθηκε ύποπτος από τις Τουρκικές αρχές και διαβλήθηκε ως επικίνδυνος για τη δημόσια ασφάλεια, διότι τάχα οι συναθροίσεις στο σπίτι του είχαν σκοπούς επαναστατικούς με θρησκευτικό πρόσχημα. Η αλήθεια είναι ότι τον Όσιο Γεροντογιάννη περιέβαλαν κυρίως ασθενείς και ανάπηροι άνθρωποι, στον οποίο κατέφευγαν για να βρουν ανακούφιση, παρηγοριά και θεραπεία.
Τρεις φορές κλήθηκε για να απολογηθεί ενώπιον του Διοικητού Κρήτης Μουσταφά Πασά. Όμως αυτές οι αλλεπάλληλες διώξεις και προσαγωγές στο Ηράκλειο είχαν το ακριβώς αντίθετο αποτέλεσμα, αφού από κάθε χωριό που περνούσε ο διωκόμενος καλόγερος σήμαινε συναγερμός και μαζεύονταν πλήθος κόσμου για να τον χαιρετήσει και να λάβει την ευλογία του. Μάλιστα κατά την τρίτη προσαγωγή του Γεροντογιάννη συγκεντρώθηκε πλήθος πιστών με αποτέλεσμα να εξοργιστεί ο Διοικητής και να διατάξει τη φρουρά του να διαλύσει με βία το πλήθος και να οδηγήσει τον Γεροντογιάννη αμέσως στη φυλακή. Ύστερα από παράκληση όμως κάποιου Σητειακού συμβούλου του Διοικητή, του Ιωάννου Καπετανάκη ή Γαλανάκη από το χωριό Κρυά, του επιτράπηκε να πάρει στο σπίτι του τον Γεροντογιάννη, χωρίς όμως να βγαίνει έξω μέχρι να να εκδοθεί η απόφαση, η οποία φημολογούνταν ότι θα ήταν η εξορία εκτός της Κρήτης ή η φυλάκιση. Συνέβη, όμως, ο σοβαρός τραυματισμός του μικρού παιδιού του Διοικητού, που γκρεμίστηκε από τη σκάλα και έμεινε αναίσθητο, χωρίς να μπορεί κανένας ιατρός να το επαναφέρει στις αισθήσεις του. Η πατρική στοργή ανάγκασε τον Τούρκο Διοικητή να καλέσει τον θαυματουργό θεραπευτή των Ρωμιών, τον Γεροντογιάννη, ο οποίος πράγματι μόλις ακούμπησε το χέρι του πάνω στο αναίσθητο παιδί και απήγγειλε μια ευχή, αμέσως το μισοπεθαμένο παιδί απέκτησε τις αισθήσεις του και επανήλθε στη ζωή. Ανάλογη θεραπεία έδωσε και στην πεθερά του Διοικητού την οποία απάλλαξε από χρόνια και ανίατη ασθένεια. Τότε ο Τούρκος Διοικητής άφησε ελεύθερο τον Γεροντογιάννη να επιστρέψει στο χωριό του για να συνεχίσει το φιλάνθρωπο έργο του. Μάλιστα με πολλή ευγνωμοσύνη του έστειλε πλούσια δώρα στο χωριό του, αλλά εκείνος δέχθηκε να κρατήσει μόνο 17 κανδύλια για τον ναό της Παναγίας των Λιθινών.
Τότε ο Επίσκοπος Ιεροσητείας Ιλαρίων (Κατσούλης) (1846-1869) συμβούλευσε τον Γεροντογιάννη να πάει σε μία ερημική μακρινή περιοχή, έτσι ώστε να σταματήσουν οι αντιδράσεις και οι καταγγελίες των Τούρκων. Ως καταλληλότερο χώρο δεν μπορούσε να σκεφθεί ο Όσιος άλλο τόπο εκτός το ημιερειπωμένο Μονύδριο του Καψά, όπου γεννήθηκε, βαπτίσθηκε και νυμφεύθηκε. Ετσι, η νεώτερη ιστορία της Μονής αρχίζει με την απόφαση του να εγκατασταθεί το έτος 1841, στην έρημο του Καψά. Μετά το 1840 η διοίκηση της Κρήτης από τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά ήταν συχνά ανεκτική και οι τουρκικές αρχές έδειχναν ανοχή στην ανακαίνιση μοναστηριών και στην επισκευή πολλών ιερών ναών που είχαν παραμεληθεί για αιώνες ολόκληρους. Έτσι, το 1841 ο τελευταίος ιδιοκτήτης της περιοχής στην οποία βρισκόταν και το ερειπωμένο Μονύδριο του Τιμίου Προδρόμου, Χατζη-Νικόλαος Ζαφείρης από το χωριό Αγία Τριάδα Σητείας, ο οποίος την είχε αγοράσει από τον Τούρκο Δερβίς Αγά Χατζαριφάκη, παραχώρησε το σπηλαιώδη ναό και τη γύρω από το έρημο Μονύδριο έκταση στον Όσιο Ιωσήφ τον Γεροντογιάννη, ιδρυτή και ανακαινιστή της Μονής.
Ο Όσιος ήταν εντελώς αγράμματος και δεν άφησε γραπτά στοιχεία για να γνωρίζουμε με σιγουριά τι βρήκε στον Καψά τότε. Βέβαιο είναι ότι υπήρχε ο ναός του Αγίου Ιωάννου, που όπως φαίνεται προσέλκυε πολλούς πιστούς από τα γύρω χωριά, καθώς και δύο οικήματα δίπλα στο ναό. Υπήρχε ακόμα ένα πηγάδι με υφάλμυρο νερό, εικόνα που μαρτυρεί την προΰπαρξη μοναστηριού, πάνω στα ερείπια του οποίου κτίσθηκε η νέα Μονή. Το εγκαταλελειμμένο Μονύδριο άρχισε πάλι να αποκτά ζωή και να συρρέουν προσκυνητές και ασθενείς που ήθελαν να γνωρίσουν τον ιδιότυπο ερημίτη και επιζητούσαν την ευλογία του για τη θεραπεία των ασθενειών τους. Ο Όσιος Γεροντογιάννης έμενε σ’ ένα απόκρημνο σπήλαιο για δεκαεπτά χρόνια βορειοδυτικά του σπηλαιώδους ναού και τα παλιά κελλιά παραχωρήθηκαν στους πολυάριθμους προσκυνητές, ενώ αρκετοί ήταν και οι υποψήφιοι μοναχοί που ήθελαν να μονάσουν δίπλα στον ερημίτη, ώστε να αρχίσει να δημιουργείται ο πυρήνας της πρώτης συνοδείας του.
Τα γεγονότα αυτά επέβαλαν την ανακαίνιση της Μονής, την επισκευή των παλιών κτιρίων και την ανέγερση νέων. Οι οικοδομικές εργασίες συνεχίστηκαν για αρκετά χρόνια, με εξαίρεση μία διακοπή το 1858, όπου ο Γεροντογιάννης για πέντε μήνες κατέφυγε στην Κάσο, λόγω μιας νέας επανάστασης που ξέσπασε στην τουρκοκρατούμενη Κρήτη.Το 1861 προστέθηκε και το δεύτερο κλίτος της Αγίας Τριάδος στο Καθολικό της Μονής μέσα στο βράχο. Τα κτίσματα οικοδομήθηκαν σε τέσσερα επίπεδα και περιελάμβαναν κελλιά, ξενώνα, τράπεζα, μαγειρείο, φούρνο, αποθήκες και μια μεγάλη υδατοδεξαμενή για τη συλλογή των ομβρίων υδάτων. Το 1863 το μοναστήρι ήταν εντελώς έτοιμο και ο τότε Επίσκοπος Ιεροσητείας Ιλαρίων Κατσούλης (1846-1869) τέλεσε τα εγκαίνια του Καθολικού της Μονής και προχείρισε τον κατά κόσμο Ιωάννη σε Μεγαλόσχημο Μοναχό, μετονομάζοντάς τον σε Ιωσήφ.
Ο Όσιος Γεροντογιάννης εξακολουθούσε να παραμένει στη Μονή Καψά μέχρι που ξέσπασε η επανάσταση του 1866, και τότε φοβούμενος μήπως οι κατακτητές καταστρέψουν το μοναστήρι, αποφάσισε να εγκατασταθεί μαζί με τη συνοδεία του σε ένα παλιό ξεχασμένο και εγκαταλελειμμένο μοναστήρι την Αγία Σοφία, που βρίσκεται στο οροπέδιο των Αρμένων στη μέση περίπου της επαρχίας Σητείας. Στη Μονή Καψά άφησε μόνο ένα επιστάτη-μοναχό μέχρι το 1870. Ο Όσιος και στην Αγία Σοφία ασχολήθηκε με την εκ βάθρων ανακαίνιση της Μονής και την καλλιέργεια των κτημάτων της, ώστε μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα μεταμόρφωσε κυριολεκτικά την περιοχή, γεγονός που προκέλεσε τον θαυμασμό όλων.
Επειδή και εκεί πήγαιναν πολλοί προσκυνητές από τα γύρω χωριά για να τον συναντήσουν, έπεσε θύμα συκοφαντίας, οπότε επέστρεψε στην αρχική Μονή του, ύστερα από εντολή του τότε Επισκόπου Ιεροσητείας Νεοφύτου Καλογερίδη (1869-1878). Ο Όσιος ζούσε με έντονη άσκηση, προσευχή και νηστεία. Έτρωγε ξηρή τροφή, κυρίως ελιές, χόρτα και παξιμάδια. Τις περισσότερες ώρες της ημέρας τις περνούσε στο κελλί του προσευχόμενος. Παρακολουθούσε τις Ακολουθίες από ένα παράθυρο του κελλιού του που έβλεπε προς τον Ναό και μόνο κάθε Κυριακή, όταν κοινωνούσε τα Άχραντα Μυστήρια κατέβαινε στην Εκκλησία. Απέκτησε από τον Θεό πλούσια χαρίσματα, ώστε επιτελούσε καθημερινά πάμπολλα θαύματα σε όσους με πίστη στο Θεό πλησίαζαν κοντά του.
Η φήμη του γρήγορα διαδόθηκε σε ολόκληρη την Κρήτη και στα νησιά Χάλκη, Κάσο και Σύμη, ώστε καθημερινά τον επισκέπτονταν πλήθος πιστών, ζητώντας τις σοφές συμβουλές του και οδηγίες για την καθημερινή τους ζωή. Άλλοι ζητούσαν τη θεραπεία τους από ασθένειες και την απαλλαγή τους από ακάθαρτα πνεύματα. Ο Γεροντογιάννης, διατηρώντας την εσωτερική κατάσταση της ησυχίας του και κινούμενος από άπειρη αγάπη προς τον πάσχοντα άνθρωπο κατά το πρότυπο του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού, συμβούλευε, ενίσχυε και θεράπευε όλους τους ασθενείς, χαρίζοντάς τους με την χάρη του Κυρίου την υγεία της ψυχής και του σώματος. Ήταν ευρύτατα γνωστό ότι ο Όσιος σταύρωνε το νερό της θάλασσας και γινόταν γλυκό. Ακόμα έριχνε το ράσο του στη θάλασσα και το χρησιμοποιούσε ως σχεδία για να μεταβαίνει τακτικά χάριν ησυχίας στο Κουφονήσι, νησί που απέχει αρκετά μίλια από τη Μονή. Επίσης ο Όσιος είχε προορατικό χάρισμα, γι’ αυτό ξεχώριζε τα κλεμμένα προϊόντα που συχνά οι προσκυνητές του έφερναν ως δώρα, ζητώντας μάλιστα απ’ αυτούς που τα έφερναν να τα γυρίσουν πίσω.
Η πολυχρόνια και υπεράνθρωπη άσκηση του σώματος γρήγορα εξεσθένησαν το ασθενικό σώμα του και η φωνή του λεπτύνθηκε, ώστε μετά βίας μπορούσαν να ακούσουν οι παρευρισκόμενοι όσα τους έλεγε. Τους τελευταίους μήνες της ζωής του παρέμενε στο κελλί του κλινήρης. Προείδε τον θάνατό του και προσκάλεσε πριν την εκδημία του προς τον Κύριο όλη την Συνοδεία στο κελλί του για να τους ζητήσει συγχώρηση και να τους δώσει τις τελευταίες συμβουλές του. Άφησε διάδοχο του τον οσιακής βιοτής Μοναχό Ανανία, προείπε ό,τι θα συμβεί στη Μονή μετά τον θάνατό του και όρισε την ακριβή ημέρα και ώρα του θανάτου του. Από τον εγγονό του Ιωσήφ, Διάκονο τότε, και τον Ιερομόναχο Γεννάδιο ζήτησε να λειτουργήσουν μαζί και να τον κοινωνήσουν των Αχράντων Μυστηρίων.
Στις 6 Αυγούστου του έτους 1874, αφού κοινώνησε, κάλεσε πάλι τους Πατέρες στο κελλί του, τους ζήτησε ξανά συγχώρηση, έκανε το σημείο του Σταυρού, πλάγιασε δεξιά και αφού σταύρωσε τα χέρια του οσιακά παρέδωσε την μεταμορφωμένη ψυχή του στον μεταμορφωθέντα Κύριο. Η σορός του έγινε λαϊκό προσκύνημα και πολύς κόσμος κατέκλυζε καθημερινά τη Μονή για να τον προσκυνήσει και να τον αποχεραιτίσει, ώστε έμεινε επί τρεις μέρες άταφος. Τάφηκε στις 9 Αυγούστου 1874 μέσα στην Εκκλησία του Τιμίου Προδρόμου στη νοτιοδυτική γωνία σε πέτρινο λαξευμένο τάφο από τον εγγονό του και μετέπειτα ηγούμενο της Μονής Αρχιμ. Ιωσήφ Γεροντάκη. Αυτός, κινούμενος από την ευλάβεια του ευσεβούς λαού προς τον Όσιο, ανεκόμισε στη συνέχεια την τιμία Κάρα του αγίου, την οποία και απέθεσε στο πάνω μέρος του τάφου. Από την κοίμηση του Οσίου η ευλάβεια των πιστών προς τον Όσιο ήταν αμείωτη και μάλλον μέρα με την ημέρα αύξανε και διαδιδόταν από γενεά σε γενεά. Οι προσερχόμενοι στο Μοναστήρι, προσκυνούσαν την κάρα του Οσίου, όπως και την εικόνα του, ενώ έπαιρναν και χώμα από τον τάφο ως ευλογία και θεραπεύονταν. Η ανακομιδή των λειψάνων του Οσίου Ιωσήφ έγινε στις 7 Μαΐου του έτους 1982, δηλαδή 108 χρόνια από την κοίμησή του, ύστερα από ολονύκτια αγρυπνία και μετά από υπόδειξη του σύγχρονου Οσίου Πορφυρίου του Καυσοκαλυβίτου κατά την επίσκεψή του στη Μονή το έτος 1979. Τα ιερά λείψανα τοποθετήθηκαν μέσα σε αργυρή λάρνακα μαζί με την τίμια κάρα του σε περίβλεπτη θέση του ναού και εκπέμπουν άρρητη ευωδία.